Program studi Pendidikan Matematika Universitas Cokroaminoto Yogyakarta telah berdiri sejak tahun 2015. Program studi Pendidikan Matematika merupakan salah satu program studi yang berada di bawah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Cokroaminoto Yogyakarta. Program studi Pendidikan Matematika memiliki visi pada tahun 2025 menjadi program studi pendidikan matematika yang terkemuka dan mampu menghasilkan lulusan yang profesional, berakhlak mulia, dan berjiwa kebangsaan berlandaskan Pancasila dan Islam. Profil lulusan program studi Pendidikan Matematika FKIP UCY adalah sebagai pendidik atau guru matematika, peneliti di bidang pendidikan matematika, dan perancang atau pengembang sumber belajar atau media pembelajaran matematika. Prodi ini diasuh oleh dosen-dosen yang telah bergelar Master di bidang Matematika dan Pendidikan Matematika baik dari dalam maupun luar negeri. Fasilitas penunjang prodi ini berupa laboratorium-laboratorium, seperti Laboratorium Komputer dan Laboratorium Bahasa.